Да, действительно, ротационные микротомы имеют ряд преимуществ. и поэтому более востребованы. Их конструкция была разработана позднее с учетом опыта использования санных микротомов.
Принцип организации конструкции санных и ротационных микротомов разный и отражен в их названиях. В случае санного микротома линейное перемещение рукоятки управления преобразуется в линейное перемещение ножа, резка происходит в горизонтальной плоскости, а после каждого среза образец поднимается вверх на толщину среза. В отличие от него, механизм ротационного микротома преобразует вращательное движение рукоятки в линейное перемещение образца в вертикальной плоскости. Таким образом, срез происходит при движении образца по неподвижному ножу.
То обстоятельство, что в конструкции ротационного микротома и резка, и перемещение на толщину среза происходят только за счет движения образца, исключает погрешность, возможную при встречном перемещении образца и ножа.
Резка в вертикальной плоскости делает силу тяжести «союзником», т.к. её направление совпадает с направлением движения, в то время как при горизонтальном движении ножа в санном микротоме на точность толщины среза может влиять некоторое давление поверхности ножа на образец сверху.
У санного микротома резка происходит на верхней поверхности микротома, нож движется перед лицом пользователя, а отходы при резке на высоте могут разлетаться. У недорогих санных микротомов часть механизма находится вне корпуса прибора, а значит, подвергается воздействию окружающей среды и загрязнению, требует большего ухода и быстрее изнашивается.Конструкция ротационного микротома позволила сделать его более компактным и удобным в эксплуатации. Весь механизм находится внутри корпуса, а держатель образца и держатель ножа расположены с фронтальной стороны, все обрезки попадают в поддон под ними. Режущая кромка ножа спрятана под защитной планкой.
Кроме того, обычно ротационные микротомы могут обеспечить больший диапазон толщины срезов, чем санные, что удобно для работы с тканями разной плотности.